公元5世纪20年代中叶，嚈哒人跨过阿姆河，侵入萨珊波斯（萨珊王朝），但被巴赫拉姆五世（420～438在位）击退；遂转向吐火罗斯坦（葱岭以西、阿姆河以南一带），从粟特越过地水，进攻当时处于衰落中的贵霜帝国，于30年代末征服盘踞该处的寄多罗贵霜，随即西向同波斯发生冲突，一度占领大部分呼罗珊地区，并扩展其势力于波斯，又于453年大败萨珊王雅兹底格德二世（438～457在位），484年杀死菲鲁兹（457～484在位），并将波斯击败。这次战争极大地消耗了波斯帝国的国力，终于迫使波斯纳贡称臣。
    公元6世纪初，嚈哒人挥师北上，同高车国争夺准噶尔盆地及其以西地区，很快控制了高昌，以此遏制柔然势力的西进。
    与此同时，嚈哒人又东进控制塔里木盆地西部，南向直至于阗，北道直至焉耆。经过西域南北道，嚈哒人频繁地开展同处于战乱的中国内地北魏、西魏、北周乃至梁朝的发生交往。而向东则趁柔然衰败之机，占据了塔里木盆地的许多地方。
    在我国南北朝时期，嚈哒人在大漠南北与北魏争雄，嚈哒与柔然相连结，广泛活动于阿尔泰山脉以西地区，威胁北魏北部边境，迫使北魏于516年改变国策，遣使到南朝的梁朝通好，以免腹背受敌。
    公元5世纪中叶，嚈哒人乘击败雅兹底格德二世之机，南下侵入笈多印度，但被塞建陀笈多击退。
    70年代末，嚈哒人最终灭掉犍陀罗地区的寄多罗贵霜残余势力，立特勤为王，并以此为基地，于公元6世纪初再次大举入侵印度，一度推进至摩揭陀，但随即被马尔瓦的耶输陀曼等联军击退。
    大约在公元558～567年间，萨珊波斯和当时北亚新兴的游牧部族突厥结盟，南北夹击嚈哒人，嚈哒国灭亡，领土被瓜分，部众散居于北亚、中亚及南亚各地，后来渐渐与各地民族融合。日后出现在欧洲的阿瓦尔人，就是由他们与柔然人混血组成的。
    嚈哒人部族国家的政治中心，就在今天的阿富汗与吐火罗地区，因处于联结中国内地、印度、南俄商道的中心，位置特殊，商业极为发达。嚈哒人是中亚地区最早采用文字的民族，他们使用鄂尔浑文字。
    嚈哒人征服了贵霜帝国后，建立了新的政权，此时被赶出巴克特里亚地区的大月氏人，仍旧保有印度河以东的小部份土地，后来被旃陀罗笈多一世所统一。
    嚈哒人的侵入，对阿富汗文化带来很大的冲击，他们信奉祆教，并积极推广，由此破坏了阿富汗境内佛教文化的发展。由于他们采取压制佛教的政策，引起了佛教徒的强烈反抗。
    此时，游牧文化再次来到阿富汗，城市文明衰落，原有的贵族和侵入的游牧贵族开始兴建城堡，阿富汗又回到了农业经济模式。
    嚈哒人统治期间并不注重发展国内生产，而是不断发动征战，一直没有一个君主集权的体制，国内小国林立，派系纷争，军阀混战。嚈哒人起初欲征服萨珊王朝，但被萨珊王朝巴赫拉姆五世所败。
    菲鲁兹时期，萨珊波斯王朝曾三次征讨嚈哒人，但三次均战败，菲鲁兹本人也战死沙场。其弟巴拉什即位，改为向嚈哒人进贡。
    公元六世纪初，嚈哒人入侵印度，并于公元502年联合萨珊王朝进攻拜占庭帝国，但大败而回。后来萨珊王朝与拜占庭签订和约，保障了拜占庭帝国西部的安全。
    突厥人占领阿富汗后，虽然在中亚地区建立了强大的国家。然而，突厥人的统治并不稳固。
    此时，在巴克特里亚北部有一支叫做突厥的游牧民族迅速兴起，他们联合萨珊王朝，对嚈哒人发动多次战争，并成功消灭了嚈哒人，萨珊王朝与突厥瓜分了嚈哒人的领土。
    唐朝时期，阿富汗及其周边小国归属中国版图，但唐朝对这里的统治并不是十分有效，那些附属小国仅仅是称臣纳贡而已，不归大唐皇帝直接管辖。
    这时阿富汗地区，许多小国名义上臣服大唐帝国，实际上处于独立或半独立状态，相互之间经常发生战争，年年战乱不止。
    在公元七世纪中期阿拉伯人兴起，他们不断对外扩张，并开始对阿富汗进行征战。
    阿拉伯人于公元651年征服了萨珊王朝之后，于第二年征服了阿富汗的赫拉特等部分地区。然而，他们只是短暂的逗留，只是对当地进行疯狂的搜刮，并没有长期占领阿富汗的打算，加上当地人民的不断反抗，阿拉伯人很快就撤军了。
    公元661年，阿拉伯的倭马亚王朝建立，哈里发希望对阿富汗进行长期的占领，而不是以前那种短暂的掠夺，于是再次出兵阿富汗。
    由于阿富汗人的强烈反抗，整个占略过程并不十分顺利，局部的反抗仍然存在，直到公元九世纪，整个阿富汗地区才完全臣服于阿拉伯政权。
    阿拉伯人的统治，对阿富汗的历史发展产生了重大影响，尤其是伊斯兰教和阿拉伯语的传播，对阿富汗的影响非常大。
    阿拉伯人普及推广阿拉伯语，利用各种手段让阿富汗人信奉伊斯兰教，逼迫他们放弃原本的佛教或祆教，摧毁了当地的佛教寺院，建立清真寺。由于阿拉伯人规定信奉伊斯兰教的人可免缴人头税，于是，不少阿富汗人为逃税而改信伊斯兰教，取得与阿拉伯人平等的地位。
    倭马亚王朝末期，由于他们统治的残酷性及赋税沉重不堪，使人民普遍感到不满，试图推翻其统治，加上王朝内部王位争夺不休，倭马亚王朝遂于公元750年被阿拔斯王朝所取代。
    阿拔斯王朝建立初期，是阿拉伯帝国的黄金时代，占据了广大西亚、中亚地区，帝国仿效波斯体制，建立完整的行政制度，重视经济发展，兴修水利工程，对农业生产有很大帮助。
    但是，阿拔斯王朝到公元九世纪初期，就已经变得很衰弱，帝国开始四分五裂。在阿富汗地区，先后出现了不同的王朝，分别是塔希尔王朝（820-873年）、萨法尔王朝（861-900年）、萨曼王朝（819-999年）、伽色尼王朝（962-1186年）和廓尔王朝（1148-1215年）。
    塔希尔王朝建于820年。当时的呼罗珊总督塔希尔上任后不久，便宣布不再为哈里发诵读祈祷词，并从铸币上除去哈里发的名字，建立塔希尔王朝。
    塔希尔王朝末年，国内发生叛乱，一个名叫耶古卜·伊本·莱伊斯的人崛起。他原本是一名铜匠，后来成为了军阀，他的军队征服和控制了锡斯坦地区，于公元861年建立了萨法尔王朝，他在公元873年推翻了塔希尔王朝，并吞并了呼罗珊。
    到耶古卜·伊本·莱伊斯逝世时，萨法尔王朝已经占据了喀布尔、信德、吐火罗、莫克兰（俾路支地区）、克尔曼、法尔斯及呼罗珊等地区，但却未能成功占领巴格达。
    耶古卜逝世后，萨法尔王朝的统治并没有延续下去，他的弟弟和继承人在公元900年被萨曼王朝所击败，阿慕尔·本·莱伊斯被迫交出大部分的领土，萨法尔王朝只能控制锡斯坦，他及其继后的王朝继承人沦为萨曼王朝的附庸。
    萨曼王朝后期，大多国王都是年幼继位，形同傀儡，大权落在将军手中，末代国王在1005年被杀，王朝结束。
    伽色尼王朝的建立者为阿勒波的斤，是一名高级将领，于公元961年封为呼罗珊总督，第二年自立为王，定都伽色尼。
    阿富汗境内的廓尔王朝的建立，是由于廓尔（现今尼泊尔境内）与伽色尼王朝发生冲突的结果。公元1148年，廓尔领袖率兵进军伽色尼，伽色尼国王逃往印度的旁遮普，伽色尼王朝于公元1186年被灭。
    廓尔王朝也是短命王朝，因争夺王位，王国内部分成几个势力。这是，花剌子模伺机入侵，于公元1215年灭了廓尔王朝。
    公元1218年，我国元朝成吉思汗大帝派长子术赤进攻花剌子模，一举击败花剌子模军队，于公元1220年攻取其首都，公元1226年攻取阿富汗的赫拉特，但当地人马上发动起义，杀死不少蒙古帝国派遣的地方官。
    蒙古帝国随即发动重兵进攻，重新夺回此城，并进行屠城，城市约150万人几乎被杀光。
    公元1251年我国元朝蒙哥大汗即位后，任命其弟旭烈兀为波斯统治者，建立伊儿汗国，并把大量蒙古人迁至阿富汗，今日阿富汗境内的哈扎拉人，就是当时迁来的蒙古人。
    哈扎拉人始终认中华大地为宗祖国，到现在一直确认自己是中国人，政治观点、思想观念和民族感情，均倾向中国（这也是他们一直受到阿富汗亲美政权迫害，中国于2039年8月会是进入阿富汗境内，打击美国和北约军队，和俄罗斯、巴基斯坦一起，推翻阿富汗亲美政权的重要原因之一）。
    由于蒙古人是游牧民族，因此，在元朝统治阿富汗初期，不太注重经济发展，直到合赞汗登台，这种状况才有所改善。
    合赞汗即位后，改信伊斯兰教，废伊儿汗（藩王之意）称号，改称苏丹，不再臣服于元朝，在国内鼓励农工业发展，使阿富汗开始走向繁荣。
    在公元1245至1381年间，阿富汗出现一个库尔特王朝，创始人是廓尔王朝的后裔，因为参加蒙古军队对印度的远征有功，而受赏获得阿富汗地区的统治权。
    库尔特王朝维持高压统治，残酷镇压人民的反抗，征收沉重的税收，是一个残暴的王朝。
    库尔特王朝虽然臣服于伊儿汗国，但与上国的冲突时常发生，虽然伊儿汗国多次出兵惩罚，但一直未能攻克库尔特王朝都城。
    库尔特王朝重建了赫拉特城和伊斯兰文化，使阿富汗的城市开始恢复了生机。公元1353年，伊儿汗国灭亡，库尔特王朝获得短暂的独立，但很快被元朝后裔帖木儿王朝所灭。
    帖木儿王朝在公元1381年围攻赫拉特，对赫拉特城的人民采取诱降的方法，使该城军民停止抵抗，帖木儿王朝迅速消灭了库尔特王朝，随即征服了中亚地区。
    这时期，普什图人的社会生活发生了巨大变化，从游牧民族过渡到农耕为主的生活方式。
    帖木儿死后，他的四子沙哈鲁成为国王，定都赫拉特。在他统治期间，帝国没有发生大规模战争，经济繁荣，商业兴盛，农业发达，文化复兴，是帝国最鼎盛的时期。
    沙哈鲁国王死后，帝国又陷入内乱之中。长期沉重的税项，使各地人民强烈不满，纷纷起来反抗，加上周边的乌兹别克人、莫卧儿王朝和萨法维王朝不断入侵，以及帝国内部的王位争夺激烈，内忧外患交加，公元1504年，巴卑尔攻下喀布尔，帖木儿王朝公元1506年亡于外族手中。